图位克隆程序主要包括以下步骤:
建立目的基因的遗传分离群体
通过杂交纯合突变体与野生型个体,创建F1代,并进一步自交得到F2代或其他遗传分离群体。
找到与目的基因紧密连锁的分子标记
利用微卫星标记、SNP标记等分子生物学技术,找到与目的基因紧密连锁的分子标记。
用遗传图或物理作图将目的基因定位在染色体特定位置
通过遗传连锁分析和物理图谱技术,将目的基因定位在染色体的特定区域。
构建含有大插入片段的基因组文库
从目的基因区域附近提取DNA,构建含有大插入片段的基因组文库。
以与目的基因连锁的分子标记为探针筛选基因组文库
使用与目的基因连锁的分子标记作为探针,筛选基因组文库,找到含有目的基因的阳性克隆。
用阳性克隆构建目的基因区域的跨叠群
通过多次筛选和验证,构建目的基因区域的重叠群(BAC重叠群)。
通过染色体步移、登陆或跳查,获得含有目标基因的大片段克隆
利用染色体步移、DNA测序等技术,从重叠群中分离出含有目标基因的大片段克隆。
通过亚克隆获得目标的小片段克隆
将大片段克隆进一步亚克隆,获得目标基因的小片段克隆。
通过遗传转化和功能互补验证,最终确定目标基因的碱基序列
将小片段克隆转入细菌或其他表达系统中,通过功能互补实验验证基因功能,最终确定目标基因的碱基序列。
建议
精确的遗传图谱和物理图谱:确保有高精度的遗传图谱和物理图谱作为参考,以便准确定位目的基因。
高质量的基因组文库:构建高质量的基因组文库,确保筛选到的阳性克隆具有较高的可信度。
多次验证:在每一步骤中都要进行多次验证,确保结果的准确性。
功能验证:在确定目标基因的碱基序列后,要通过遗传转化和功能互补实验进行验证,确保基因功能的正确性。
通过以上步骤,可以系统地进行图位克隆,最终成功克隆出目标基因。