修改软件版权的流程如下：
填写申请表
可以在中国版权局网站进行用户注册并登录，然后在线按要求填写申请表。
变更或者补充登记申请表需要按照要求填写。
提交申请文件
提交登记证书或者证明的复印件。
提供有关变更或者补充的材料，例如软件名称变更的，应当提交《软件名称变更说明》；自然人姓名变更的，应当提交公安机关出具的证明原件；法人名称变更的，应当出具注册机关出具的名称变更证明原件。
如果软件著作权人为企业或者事业法人的，需要移交有效的法人营业执照复印件，并需要加盖企业公章；如果为自然人的，则需要提交有效身份证复印件，并且需要双面复印，还需要提交非职务开发证明等。
如果软件著作权人为外国人的，那么除了需要提交护照复印件之外，还需要提供由翻译机构其签章的复印件中文译本。
缴纳申请费
申请文件符合受理要求时，软件登记机构发出缴费通知，申请人或代理人按照通知要求缴纳费用。
登记机构受理申请
登记机构在规定的期限内予以受理，并向申请人或代理人发出受理通知书及缴费票据。
补正程序
申请文件存在缺陷的，申请人或代理人应在规定期限内补正，逾期不补正的，申请将被视为撤回；经补正仍不符合登记办法的，登记机构将不予登记并书面通知申请人或代理人。
取得证明
申请受理之日起10个工作日后，申请人或代理人可登记相关网站，查阅软件登记事项变更或补充登记公告，并取得证明。
建议在办理软件版权变更时，确保所有提交的材料真实、完整、有效，并按照规定的流程和要求进行操作，以确保变更过程的顺利进行。
