芯片保护程序的方法主要有以下几种：
硬件加密
内置加密功能：许多现代MCU芯片内置了加密功能，如STM32、NXP、英飞凌、小华半导体HC32系列等。这些芯片提供了特定的寄存器或存储区域，用于存储加密密钥或配置加密模式。例如，通过写特定配置字到MCU的特定Flash地址中，可以启用代码读取保护（CRP）功能，从而限制对Flash内容的访问。
外部加密芯片：在MCU外部添加加密芯片，通过MCU与加密芯片的交互来验证程序的合法性。这种方法通常用于对关键算法或数据的加密保护。加密芯片可以生成随机数或密钥，与MCU进行安全通信，确保只有经过授权的MCU才能执行程序。
UID加密：利用MCU内部的唯一设备标识符（UID）进行加密。每个MCU的UID都是唯一的，可以在烧写程序时读取UID，并将其与加密后的程序一起写入Flash。程序运行时，MCU会再次读取UID，并与Flash中的加密信息进行比对，以验证程序的合法性。
软件加密
代码混淆：通过改变代码的结构、变量名、函数名等方式，使反汇编后的代码难以阅读和理解。这种方法虽然不能完全防止程序被破解，但可以增加破解的难度。
指令伪装：在不影响程序功能的前提下，对汇编语言源程序中的指令进行伪装，如插入无效指令、改变指令顺序等，以增加反汇编的难度。
软件锁：通过软件逻辑保护编程口，如IAP、ISP、JTAG等，防止单片机复位之前的时间被外界杂波干扰，误入编程状态。
其他物理保护措施
磨片：用细砂纸将芯片上的型号磨掉，对于偏门的芯片比较管用，但对常用芯片来说，只要猜出个大概功能，查一下哪些管脚接地、接电源很容易就对照出真实的芯片了。
封胶：用凝固后像石头一样的胶（如粘钢材、陶瓷的那种）将PCB及其上的元件全部覆盖。里面还可故意搞五六根飞线（用细细的漆包线最好）拧在一起，使得拆胶的过程必然会弄断飞线而不知如何连接。要注意的是胶不能有腐蚀性，封闭区域发热不太大。
电源和复位保护
提高电源稳定性：尽量改善电源，加上去耦电容安置在元件附近的电源处，用来滤除高频噪声，使电压稳定干净，保证元件的正常工作。
使用带电压监测的复位芯片：防止上电/下电时，单片机电压处于工作和不工作的临界时，单片机自己胡来。上电后，电容从0V逐渐升到VCC；下电时，从VCC逐渐降到0V。不管电压转换的多快，总会有一段时间处于电压不足的不稳定状态，什么情况都可能发生。
足电压编程、慢速编程：让Flash/EEP存储器在编程时充入足够电荷。需要可靠性的场合尽量低速写入，把工作加到芯片上限（一般5V芯片用5.5V，3V芯片到3.6V），能明显提高数据可靠性。
保护编程口：保护编程的IO口，加些上拉或下拉电阻。如IAP、ISP、JTAG等，防止单片机复位之前的时间被外界杂波干扰，误入编程状态。
通过上述方法，可以在不同程度上保护芯片中的程序不被未经授权的访问或复制，从而提高芯片的安全性。具体选择哪种方法取决于实际应用的需求和成本考虑。
