工程结算程序可以通过以下步骤进行解决：
优化竣工资料
竣工图由设计管理部门和科技管理部门安排专人绘制，项目商务经理从结算角度提出意见协同绘制，共同承担责任。
对竣工资料尤其是竣工图纸进行优化，将图纸会审、设计变更、技术核定单、施工方案及有利于计量计价的措施纳入竣工图纸。
抓好结算清单销项
竣工前三个月，分析施工过程中尚未解决的问题，如材料认价、变更签证、费用索赔、计价分歧、资料优化等。
根据项目管理人员的岗位分工，制定目标、销项时限，并定期跟踪，确保结算编报前完成。
夯实项目实际成本
竣工前，商务经理牵头分析项目实际成本，由各相关方书面提供成本数据，确定结算编报底线。
落实总包结算策划
项目经理牵头组织结算策划，对结算资料优化、问题清单销项、结算编制质量、分层对接等做出安排，并定期督导，为结算办理创造条件。
做好结算时效管理
依据合同约定和“31633”结算时点要求，及时编报竣工结算。
及时完善竣工交备手续，确保结算条件。
沟通发包人、审价公司等有关方，及时安排结算核对。
对结算过程中出现的争议，及时进行沟通，避免一揽子解决。
工程价款结算程序
承包商提出付款申请，填报一系列工程师指定格式的月报表，说明应得款项。
工程师审核付款申请，编制期中付款证书，计算付款净金额，并扣除保留金、动员预付款、材料设备预付款、违约罚金等。
业主收到工程师签发的付款证书后，按合同规定时间支付给承包商。
解决工程结算纠纷
工程价款结算应按合同约定办理，合同未作约定或约定不明的，应依照相关规定与文件协商处理。
当事人可通过向人民法院提起诉讼或申请仲裁解决合同造价争议。
审核与归档
施工项目单位编制工程项目预结算书，内容包括项目名称、建设单位、建筑工程费用汇总表等，并由施工单位、建设单位审批。
结算书内容核查，保证真实性及有效性，并及时补充。
结算书完成后，选择社会机构或公司内部审核，最终出具正式文件资料，并由相关经理及工作人员签字归档。
结算资料的送交与审核
结算资料送交后，预算部进行符合性审核，针对完整性、真实性、合理性、合法性进行审核。
审核通过后，预算部进行结算审核工作，相关部门和人员应积极配合，确保审核客观真实、公正合法。
结算经过初审后，进行全面复核和调整，使结算符合客观事实，做到真实、精确、科学合理、公正合法。
通过以上步骤，可以有效地解决工程结算过程中的问题，确保结算的顺利进行和双方权益的保障。
