蛋白肽与程序对接的方法有多种，以下提供两种常用的对接方式及相关信息：
CABS-dock 刚性对接：
首先使用CABS-dock进行刚性对接，挑选若干复合物进行分子动力学模拟，然后根据结合自由能选取最好的结果进行结合模式分析。
在线服务：打开CABS-dock在线服务网页进行刚性对接，具体操作可参考其Help说明。
AutoDock Vina 分子对接计算：
使用Autodock Vina程序进行分子对接计算，研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。
配置任务：上传受体和配体文件，定义对接口袋，选择残基，然后进行打分评估和筛选最佳构象。
ZDOCK 盲对接：
当具体氨基酸残基位点不明确时，可以采用ZDOCK进行盲对接，首先进行刚性对接，再通过分子动力学模拟和结合自由能评估选取最佳结果。
建议
明确位点：如果可能，尽量通过文献报道或实验数据确定蛋白肽的作用残基位点，这样可以提高对接的准确性和效率。
选择合适的工具：根据具体的研究需求和条件选择合适的对接程序，例如CABS-dock适合刚性对接，而AutoDock Vina和ZDOCK适合更为复杂的对接场景。
多次模拟：对接后通常需要进行多次模拟以验证结果的可靠性，选择结合自由能最低的组合进行后续分析。
