开店铺时，商家可能会面临多个部门的检查，具体如下：
工商管理部门：
负责监管商家的营业执照和运营过程，确保商家合法经营。如果商家存在违规或违法行为，可能会受到处罚或取缔。
税务局：
负责监管商家的纳税情况和账务处理，确保商家依法纳税。逃税或偷漏税行为可能会导致严重的罚款和法律责任。
城管部门：
特别是对于开饭馆等行业的商家，城管部门可能会对商家的门前三包、卫生状况等方面进行检查，违规者可能会面临罚款或停业整顿。
卫生部门：
对食品安全和卫生要求非常严格，如果商家存在卫生问题，可能会导致店铺被封闭、罚款甚至关闭。
卫生防疫监督部门：
对于餐饮等服务行业，卫生防疫监督部门会进行严格的检查和验收，确保食品安全。
消费者协会：
虽然不直接进行处罚，但如果消费者遇到权益被侵害的情况，可以向消协投诉，商家可能会因此面临额外的麻烦和负面影响。
综上所述，开店铺时最怕查的部门包括工商管理部门、税务局、城管部门、卫生部门、卫生防疫监督部门和消费者协会。商家应遵守相关法律法规，保持合法合规经营，以降低被查的风险。
