在Windows PE中添加程序可以通过以下几种方法实现：
使用PESOFT工具
找到IS_结尾的PE文件，通常在系统盘的某个隐藏目录里。
找到要添加的软件的根文件夹，选择主执行文件（exe文件）。
使用PESOFT工具将软件添加到PE中，操作完成后，新生成的IS_文件会在工具运行的根目录里。
需要注意，添加的软件文件夹必须是根文件夹，且此目录下不要有其他软件，也不要将工具和软件放在同个文件夹下。
使用UltraISO
用UltraISO打开WINPE.ISO，提取出扩展名为INI的文件（如WINPE.INI）。
提取出WINPE.IS_或WINPE.IM_并重命名为WINPE.IS_。
使用UltraISO将修改后的文件重新打包成ISO。
使用PETOOLS.INI
在分区根目录下创建PETOOLS目录，并在其中创建必要的快捷方式和注册表文件。
编辑PETOOLS.INI文件，添加自定义脚本和快捷方式，以便在PE中运行程序。
使用Winpeshl.ini和Startnet.cmd
创建Winpeshl.ini文件，设置AppPath项为要添加的应用程序的路径。
创建Startnet.cmd文件，添加自定义命令行脚本，以便在PE中运行程序。
使用ImageX工具
使用ImageX工具加载基本的WinPE映像（如WinPE.wim）。
挂载映像并进行修改，添加所需的程序。
使用Windows ADK
安装Windows ADK，并使用部署工具将所需的程序添加到Windows PE映像中。
请根据你的具体需求和操作习惯选择合适的方法。对于普通用户来说，使用PESOFT工具或UltraISO可能是最简单的方法。如果你需要更高级的自定义和批量添加功能，可以考虑使用PETOOLS.INI、Winpeshl.ini、Startnet.cmd或ImageX工具。
