如果学校入团程序违规，可以采取以下几种方式进行处理：
举报
向教育行政部门举报：如果学校违反规定，教育行政部门有权撤销违规操作，没收违法所得，并处分相关责任人。
电话举报：拨打学校提供的监督投诉电话，如：0903-6565589。
网上举报：登录学校官方网站，找到“校园管理”或“学生违规举报”等相关菜单，填写必要的个人信息和举报内容。
直接联系学校领导或主管部门：向学校领导或主管部门直接反映情况。
申诉
按学校规定提出正式申诉：如果认为学校处理不公，可以依据学校的相关规定提出正式申诉。
法律途径
咨询律师：如果情况严重，可以考虑通过法律途径，咨询律师，提起诉讼。
重新认定团员身份
重新召开支部大会：对于入团时不满12周岁、当时发展程序规范、现在已符合入团标准的，由其现在所在团支部召开支部大会重新讨论是否接收其入团，并报上级团委审批认定，入团时间以重新召开支部大会的日期为准。
其他措施
通报批评：如果有关单位拒不执行监察机关作出的处理决定，或者无正当理由拒不采纳监察建议的，由其主管部门、上级机关责令改正，对单位给予通报批评；对负有责任的领导人员和直接责任人员依法给予处理。
在处理学校入团程序违规的情况时，建议首先收集相关证据，然后根据情况的紧急程度、证据的充分性及个人意愿选择合适的处理方式。同时，确保提供的信息真实可靠，避免造谣中伤或诬告陷害。
