微信小程序对商家的扣费情况如下：
交易手续费
微信小程序会对每笔交易收取订单金额的0.6%作为手续费。
商家可以通过申请获得0.38%的费率，但这需要向微信服务商申请，并在特定类目下进行。
自动扣费功能
商家需要先开通微信支付功能，并通过微信支付服务商平台申请开通自动扣费功能。
申请通过后，商家需要在小程序中调用相关API，实现自动扣费功能。
其他费用
商家入驻微信小程序还需要支付300元的认证费用。
开发费用根据功能需求和页面设计等因素不同，简单模板小程序开发费用可能在几千元，复杂定制化小程序开发费用可能高达数万元。
服务器和域名费用也不容忽视，租用云服务器的费用根据配置和带宽不同，一年的费用大概在几百元到几千元不等，域名费用每年大约在几十元到上百元。
小程序上线后，还需要进行后期维护和更新，费用根据商家选择自行维护还是委托第三方公司维护而定，费用一般以月付或年付方式收取，每月费用大概在几百元到上千元不等。
建议：
商家在申请自动扣费功能时，应确保满足微信支付服务商平台的要求，并仔细阅读并同意自动扣费服务协议。
在选择开发公司时，商家应详细评估功能需求和预算，选择合适的服务商，以避免不必要的额外费用。
商家还应关注微信小程序平台的最新政策，以便及时了解可能的费率调整或其他费用变化。
