违反征兵程序的处理措施主要包括以下几个方面：
停职、调离、免职等组织处理措施
对于在征兵期间发现违纪违法情况基本属实，证据确实充分的情况，将采取停职、调离、免职等组织处理措施，并依据相关廉洁征兵法规严肃追究相关人员责任。
行政处罚
有服兵役义务的公民拒绝、逃避兵役登记的，应征公民拒绝、逃避征集服现役的，依法给予处罚。新兵以逃避服兵役为目的，拒绝履行职责或者逃离部队的，依法给予处分或者处罚。
经济处罚
对逃避履行兵役义务或阻碍征兵工作开展的人和事，经教育不改的，区县征兵办依法对当事人作出经济处罚决定或建议有关部门、单位给予行政处分。
行政处分
国家工作人员、军队人员在征兵工作中，有贪污贿赂、徇私舞弊、滥用职权、玩忽职守以及其他违反征兵工作规定行为的，依法给予处分。
刑事责任
违反本条例规定，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
通报批评和罚款
对不按规定组织公民进行兵役登记、隐瞒适龄公民人数或者不接受征兵任务的单位，由区、县人民政府征兵办公室责令改正，经教育不改的，视情节轻重处以同地区当年义务兵及其家属优待金平均标准两倍以上十倍以下罚款。对单位主要负责人和直接责任人，应当予以行政处分。
取消入伍资格和优待金
应征公民接到入伍通知书后不按时到指定地点报到，经教育不改的，应取消其当年入伍资格，并按照相关规定处理。应征公民入伍后，在规定的检疫期内擅自逃离部队，并被部队作退兵处理的，当地人民政府应当取消其家属的军属待遇，并责令退还已领取的全部优待金。
奖励与惩罚相结合
对积极履行兵役义务、表现突出的应征公民及家属，给予奖励；对阻挠适龄公民履行兵役义务的亲属或单位负责人，由县（市、区）征兵办公室建议所在单位或其上级主管部门责令改正；对坚持不改的，给予行政处分。
综上所述，违反征兵程序的处理措施涵盖了组织处理、行政处罚、经济处罚、行政处分和刑事责任等多个方面，以确保征兵工作的公正、公平和顺利进行。
