当招标程序不清晰时，可以采取以下步骤进行处理：
评估影响
首先需要评估程序不规范是否对评审结果造成了实质性影响。如果未造成实质性影响，可以认定开标、评标活动有效，并对招标代理机构未按规定开标的情况另行处理。
如果程序不规范导致影响评审结果，则应重新组织招标，并对招标代理机构按规定处理。
澄清和解释
在评标过程中，如果发现招标文件中的某些内容含糊不清，投标人应当提请说明，但不应表示或提出任何修改设计方案的要求。可以在投标报价时提出自己的修改方案供业主选择，而不必在标前会议中提出。
对于图纸与技术说明互相矛盾之处，可以请求说明应以何者为准，但不要轻易提出修改技术要求。如果自己能提出对业主有利的修改方案，可以在投标报价时提出，并做出相应的报价供业主选择。
书面澄清
澄清应以书面形式通知所有获取标书的潜在投标人，澄清或修改的内容为招标文件的组成部分，是评委进行评审的依据之一。
澄清只能针对不影响潜在投标人报名获取标书的内容，而不能对影响潜在投标人报名的内容进行澄清，否则会影响招标投标的“公平性”原则。
重新招标
如果在开标之后发现标书存在严重问题，且澄清会影响评审或违反招标投标“公平性”原则或违反法律法规强制性规定的，应当终止当前招标，修改招标文件后重新招标。
向相关机构反映
如果招标程序存在严重问题，可以向政府采购办或其他相关监管机构反映情况，要求进行监管、批评，甚至撤销招标代理机构的资格。
通过以上步骤，可以有效地处理招标程序不清晰的问题，确保招标过程的公平、公正和透明。
