如果发现公司增资程序不合法，可以采取以下措施：
审查增资决议的合法性
确认股东会决议是否按照《公司法》及公司章程规定的程序进行，包括是否经代表三分之二以上表决权的股东通过。
检查是否存在虚假增资、强迫股东增资等违法行为。
股东诉讼
如果股东认为公司增资行为违反程序，可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，请求确认增资行为无效。
诉讼中，法院将审查增资决议的合法性及是否侵犯了股东的合法权益。
恢复原状
如果增资行为被判定为无效，应当恢复原股东的持股比例和权益。
修改或补充章程
对于未履行的程序，公司应当修改或补充章程，确保未来增资行为符合法律规定。
违约责任
对于不履行增资义务的股东，其他股东有权要求其承担违约责任。
工商变更登记
如果增资已经履行了部分程序，但未进行工商变更登记，公司应当尽快办理变更登记，以确保股东权益的合法性。
法律咨询
在整个过程中，建议咨询专业律师，以确保所有行动符合法律规定，并最大限度地保护自身权益。
通过以上措施，可以有效地应对公司增资程序不合法的问题，维护公司和股东的合法权益。
