如果发现招标程序存在违规行为，可以采取以下步骤进行处理：
确定违规行为的性质和具体情形
审查招标公告、招标文件、投标过程及中标结果，发现可能存在的违法行为，如串通投标、行贿谋取中标等。
选择合适的投诉举报渠道
根据招标项目的所属关系，选择合适的投诉举报渠道，如向项目的上级主管部门、纪检监察部门或者行业监管部门进行投诉。
提交投诉时，应提供详实的证据材料，包括相关文件、录音录像、证人证言等，以支持投诉内容。
行政监督部门的处理
行政监督部门会对招标人或招标代理机构进行责令改正，情节严重的可使其招标无效，并进行重新招标。
对于招标人不予受理投标文件的情况，如逾期送达或未送达指定地点、未按招标文件要求密封等，也会受到相应的处理。
法律责任和赔偿
招标人违反招投标法的行为，如未按规定确定招标代理机构、在提交投标文件截止时间后接收投标文件等，可能会面临罚款、没收非法所得、暂停项目执行或暂停资金拨付、行政处分、赔偿损失等处罚。
招标代理机构及其负责人若存在严重违规操作，可能面临刑事责任，同时受损方可以向招标代理机构提起民事诉讼，要求赔偿经济损失、利益损失和其他相关损失。
重新招标或评标
如果因违规行为导致招标无效，评标和中标无效，招标人应当重新进行招标。
刑事责任
对于投标人相互串通投标或者与招标人串通投标，以及以行贿手段谋取中标等违法行为，情节严重的，可处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款，并可能面临牢狱之灾。
综上所述，发现招标程序违规时，应通过投诉举报渠道向行政监督部门反映，并根据具体情况采取相应的法律措施，维护公平竞争和法治秩序。同时，招标人和招标代理机构也应当严格遵守招投标法律法规，确保招标过程的合法合规。
