股权代持核查程序一般包括以下几个步骤：
启动核查
从公司股东入手，向股东说明股权代持的情况，包括相关法律法规的规定、股权代持对公司上新三板挂牌转让的法律障碍、信息披露的重要性以及虚假信息披露被处罚的风险。
股东说明与核查
请中介公司介入，根据股东说明的情况进行核查。中介机构可以通过股东是否在公司任职、是否参加股东会、是否参与分红、股东是否有资金缴纳出资、股东出资时是否是以自有资产出资等方式进行核查。
落实股权代持协议
核查是否签署了股权代持协议，代持股权时的资金来源，是否有银行流水，代持的原因说明，还原代持时应当由双方出具股权代持的原因、出资情况，以及还原后不存在任何其他股权纠纷、利益纠葛。
审查股权代持协议
审查股权代持协议，重点包括主体资格、出资资料、代持股协议、出资证明、验资证明、股东会决议、公司登记资料等。
询问隐名股东和显明股东是否有恶意串通、逃避债务、转移资产的行为，并告知如有上述行为会导致协议无效及法律后果。
明确权利与义务
在协议中明确实际出资人享受利益分配或增资配股及其他资产收益的权利，以及名义股东不得擅自处分股权的责任。
信息披露与决策
根据《中华人民共和国公司法》、《非上市公众公司监管指引第4号》、《全国中小企业股份转让系统股票挂牌审核业务规则适用指引第1号》、《国务院关于加强监管防范风险推动资本市场高质量发展的若干意见》等法律法规及中国证监会、全国股转公司最新监管要求，全面开展股份代持核查工作，并形成书面核查报告。
后续监管与执行
对于核查中发现的问题，要求相关股东进行整改，并在必要时采取法律措施，确保股权代持的合法合规性，维护公司及其他股东的合法权益。
通过以上步骤，可以确保股权代持核查的全面性和有效性，从而降低法律风险，保障公司及其他股东的合法权益。
