在WinCE中设置程序开机启动，可以采用以下几种方法：
将应用程序和快捷方式添加到映像里，再将快捷方式添加到StartUp目录下
将应用程序及其快捷方式添加到映像中。
在StartUp目录下创建快捷方式，指向应用程序。这样当系统启动后，应用程序会自动运行。
直接替换Wince的SHELL，即修改注册表
修改注册表中的`HKEY_LOCAL_MACHINE/init`项，将`Launch50`或`Launch80`的值改为你的应用程序路径，并设置`Depend50`或`Depend80`为依赖程序的启动序号。例如，将`Launch50`设置为`MyApp.exe`，`Depend50`设置为`hex:14,00,1e,00`。
将应用程序加入到映像，修改注册表
将应用程序加入到映像中，并在注册表`HKEY_LOCAL_MACHINE/init`中设置`Launch80`为你的应用程序路径，`Depend80`为依赖程序的启动序号。注意，如果应用程序需要从SD卡启动，可能需要确保SD卡的文件驱动已经加载。
使用自定义启动程序
编写一个小程序（如ShellExe.exe），将其加入到映像中，并通过StartUp快捷方式调用该程序。ShellExe.exe再调用SD卡或其他存储介质中的应用程序。
将快捷方式添加到WBT（Windows Boot Loader）
在WBT中添加启动程序，可以将程序放在闪存卡上，并确保在Init注册表项中添加绝对路径。
建议根据具体需求和系统环境选择合适的方法。如果应用程序需要在系统启动时直接运行且不依赖桌面环境，可以考虑修改注册表的方法。如果需要从存储介质启动应用程序，可以考虑使用自定义启动程序或将其添加到WBT中。
