商家小程序扣费两次的情况可能由以下原因造成：
小程序交易手续费
微信小程序平台对每一笔交易会扣除订单金额的0.6%作为手续费。
申请低费率
商家可以申请特定类目下的小程序交易收费0.38%的费率。这需要向微信服务商申请，并且可能需要在特定的类目下进行申请。
建议
确认费用：首先确认你的小程序是否确实被扣除了两次费用，并检查是否有多个不同的费用来源。
审核申请：如果你希望申请低费率，建议详细查看微信服务商的官方文档，并按照要求提交申请。
咨询客服：如果费用异常，可以联系微信小程序的客服或服务商的客服进行咨询，以获取更准确的帮助。
希望这些信息能帮助你解决问题。
