EDTA程序的使用可以分为 安装和 使用两个部分。
安装
通过conda安装
创建一个新的conda环境并激活：
```
conda create -n EDTA
conda activate EDTA
```
安装EDTA及其依赖包：
```
conda install -c conda-forge -c bioconda mamba
conda install -c conda-forge -c bioconda edta python=3.6 tensorflow=1.14 'h5py<3'
```
或者通过克隆GitHub仓库并创建环境：
```
git clone https://github.com/oushujun/EDTA.git
cd EDTA
conda env create -f EDTA.yml
```
使用Docker或Singularity
如果没有管理员权限，可以使用conda进行安装。
如果有管理员权限，可以尝试用docker或者singularity进行安装。
使用
激活EDTA环境
每次使用前需要激活EDTA环境：
```
conda activate EDTA
```
运行EDTA程序
进入EDTA目录下，使用绝对路径运行EDTA.pl脚本：
```
cd ./EDTA
perl EDTA.pl --genome genome.fa --cds genome.cds.fa --curatedlib ../database/rice6.9.5.liban --exclude genome.exclude.bed
```
注意事项
确保基因组文件（FASTA格式）的序列名称简短且被屏蔽。
使用绝对路径运行EDTA程序，以避免找不到文件的问题。
根据具体需求，可能需要调整命令行参数，如基因组文件路径、 curatedlib参数等。
通过以上步骤，你应该能够成功安装并运行EDTA程序。如果在使用过程中遇到问题，请检查环境配置和文件路径是否正确。
