调查程序违规的处理通常遵循以下步骤：
调查终结
继续完成调查程序，全面、客观、公正地收集与案件有关的证据。
查明违法事实，包括违法行为的主体、时间、地点、手段、后果等，为后续处理提供充分依据。
内部讨论与审批
由案件承办人员将调查情况及处理建议提交给本部门的法制机构或相关审批部门进行讨论和审批。
审批部门应根据案件事实、法律规定以及执法实践经验等，综合判断应采取的处理方式。
作出决定并告知当事人
根据内部讨论和审批的结果，作出相应的处理决定。
如果决定不予行政处罚，应当制作并向当事人送达《不予行政处罚决定书》，告知当事人其行为违法的事实、不予处罚的理由和依据等。
如果需要责令当事人改正违法行为的，应同时下达《责令改正通知书》，明确责令改正的具体内容和期限等。
撤销原决定并重新履行调查程序
如果行政处罚中程序错误，应当撤销原决定，并重新履行调查程序和作出新的决定。
撤销原决定应当由负责人召集集体讨论决策，不能由低于原来决策机构层级的机构来撤销此前作出的行政决定，以确保撤销决定作出的科学和审慎。
重新履行调查程序，包括立案、调查取证、听证告知等。
被撤销案件调查取证获取的证据材料，若符合证据的关联性、合法性和客观性，可在新案件中使用。
作出新的决定
调查取证结束后，行政机关依照行政处罚的相关法律法规规定，依法决策后作出决定。
如果撤销原处罚决定仅仅因为适用法律错误等不需调查取证、改变原认定事实的情形，新决定可与撤销原决定的决定一并作出。
主动纠正违法行为
行政机关如果发现相应的行政处罚错误，应当主动纠正自己的违法行为。
纠正违法行为应当重新启动对事件的调查，以及相应的法律适用，并对已经造成损失的行政处罚进行撤销或者是赔偿。
以上步骤和措施均依据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规进行，确保行政行为的合法性、公正性和透明度。
