南京的日本手办店铺有以下几个推荐的地方：
南京东路的百联zx创趣
有很多动漫手办店，其中“三月兽”是百联zx创趣场店，营业时间为10:00-22:00，地址是南京东路340号百联zx1层，地铁2号线南京东路站1号口步行70米即可到达。
夫子庙附近
夫子庙附近有几家以cosplay为主的店，如三叶草和壹动漫，离门不远，往西的支路上，100-200米内。
宁海中学后门
有红魔馆=V=，在凤凰书城5楼上电梯以后直走最里面也有。
立新路68号东门动漫城
有2l的聚兴店。
南京如意里
珠江路附近，进了巷子一直往前走小巷子里有两家，貌似手办很多。
新城市广场流行街区
-有一家动漫周边店，但手办比较贵。
老汪手办
地址是江苏省南京市玄武区珠江路333号百脑汇4D16商铺，仓库地址是玄武区龙蟠中路29号珠江路都市经济园科学楼110，开门时间10:00-18:00左右。
萌之屋/萌之屋ONLINE
地址是南京市玄武区石婆婆庵14号，开门时间13:00-19:00左右，附近的学生群体似乎是主力大军。
火星井/南京火星社
地址是南京市鼓楼区青岛路6-1号，开门时间13:00-18:00左右。
建议根据个人喜好和方便性选择合适的店铺进行购买。如果打算亲自去实体店，南京东路的百联zx创趣和夫子庙附近是不错的选择，因为它们的手办种类丰富且地理位置便利。如果时间有限或者想要更方便地购买，可以考虑网购或者在漫展上购买。
