在疫情开店时，应开具 普通发票。根据《财政部 税务总局关于支持个体工商户复工复业增值税政策的公告》（2020年第13号）的规定，自2020年3月1日至5月31日，对湖北省增值税小规模纳税人，适用3%征收率的应税销售收入，免征增值税。因此，如果公司取得适用3%征收率的应税销售收入，享受免征增值税优惠的，不能开具增值税专用发票，但可以开具普通发票，并在税率或征收率栏次填写“免税”字样。
此外，根据《国家税务总局关于支持新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控有关税收征收管理事项的公告》（国家税务总局公告2020年第4号）第三条的规定，纳税人按照相关公告规定适用免征增值税政策的，不得开具增值税专用发票；已开具增值税专用发票的，应当开具对应红字发票或者作废原发票，再按规定适用免征增值税政策并开具普通发票。
因此，在疫情开店时，建议开具普通发票，并在税率或征收率栏次明确标注“免税”字样，以确保符合相关税收优惠政策。如果已经开具了增值税专用发票，需要按照规定开具对应的红字发票或作废原发票，再重新开具普通发票。
