在农村开店需要缴纳的税种主要包括以下几种：
增值税
小规模纳税人：如果每月营业额不超过9万元，可以免征增值税及其附加税费。如果超过9万元，则按全部不含税收入的3%缴纳增值税，并且需要缴纳增值税税额的10%作为附加税费。
一般纳税人：如果超市申报的营业额超过80万元/年，需要强制认定为一般纳税人，按销售收入的7%计提销项税，并且可以抵扣购进货物的进项税，实际税负一般低于3%。
城建税
按实际缴纳的增值税和营业税之和的5%缴纳。
教育费附加
按实际缴纳的增值税和营业税之和的3%缴纳。
地方教育费附加
按实际缴纳的增值税和营业税之和的1%缴纳。
个人所得税
按“个体工商户经营所得”税目计算，适用五级超额累进税率。具体税率根据全年纯收入的不同而有所变化。一般来说，个体工商户会采用定期定额的办法执行，也就是按照区域、地段、面积、设备等核定一个月应缴纳税款的额度。
印花税
购销合同按购销金额的万分之三贴花。
城镇土地使用税
按实际占用的土地面积缴纳，具体税额各地规定不一。
房产税
按自有房产原值的70%*1.2%缴纳。
车船税
按车辆缴纳，具体税额各地规定不一。
企业所得税
按应纳税所得额（调整后的利润）缴纳，税率根据利润的不同而有所变化。具体税率如下：3万元以内18%，3万元至10万元27%，10万元以上33%。需要注意的是，该税率在2008年1月1日已经统一调整为25%。
建议
了解当地政策：由于各地的税收政策有所不同，建议先咨询当地税务机关，了解具体税率和征收方法。
依法纳税：作为经营者，依法纳税是每个公民的义务，偷税漏税将会面临法律处罚。
合理规划：根据自身经营情况，合理规划税务事宜，确保合法合规经营。
