在新疆开店需要办理以下证书和手续：
营业执照
个体工商户注册登记申请书；
经营者身份证明；
经营场所证明（如房产证明、租赁合同等）；
《个体工商户名称预先核准通知书》（如已办理名称预先核准）；
申请登记的经营范围中有法律、行政法规和国务院决定规定必须在登记前报经批准的项目，应当提交有关许可证书或者批准文件。
食品经营许可证 （如经营餐饮业务）：《食品经营许可证》申请书；
营业执照或者其他主体资质证明文件复印件；
与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；
食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度；
利用自动售货设备从事食品销售的，还需提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点、经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料；
申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。
健康证
（如经营餐饮、食品等行业）：
所有从业人员的健康证（去店面所在地医院保健科体检）。
税务登记证 自领取营业执照之日起30天内，要向当地税务局申请领取地税税务登记号，带上营业执照副本及经营者的身份证原件及复印件。 消防验收合格证明
根据《中华人民共和国消防法》，在开店前需要进行消防验收，通过后需办理消防验收合格证明。
特种行业许可证（如适用）：
如果店铺属于特殊行业，例如食品、药品、烟草等，需要向地方人民政府商务主管部门申请办理特种行业许可证。
卫生许可证（如适用）：
根据店铺经营范围在地方人民政府卫生行政部门办理卫生许可证。
建议：
在开店前，建议先咨询当地市场监督管理局或相关部门，了解具体的政策和流程，确保所有证件和手续都齐全。
可以利用新疆维吾尔自治区市场管理局官网进行线上申请和办理，以提高效率。
