认定清算程序违法主要从以下几个方面进行考虑：
清算程序的合规性
清算组是否按照法定程序进行清算，包括是否及时通知债权人、依法申报债权、妥善处理公司财产等。若存在未依法进行清算的情况，可认定为违法行为。
清算义务履行情况
清算义务人是否履行了其在清算过程中的法定职责。若清算义务人怠于履行清算义务，导致公司财产流失或损害债权人利益，属于违法行为。
是否存在欺诈或恶意行为
在清算过程中，若存在故意隐瞒公司资产、虚构债务等欺诈行为，或者为了个别利益而恶意损害全体债权人利益的行为，也会被判定为违法行为。
清算组的组成是否合法
清算组的组成是否符合法律规定，若不符合规定，可能影响清算程序的合法性。
清算结果的处理是否合法
清算结果的处理是否符合法律规定，若不符合法律规定，可能引发后续的法律纠纷。
法院的确认
民事违法执行由执行监督程序或审判监督程序确认。通过执行监督程序，依法撤销违法的执行裁定、决定的，属于依法确认。
清算组的责任追究
清算组有损害债权人利益的行为，人民法院应当纠正，并可以解除不称职的清算组成员职务，另行指定新的成员。对情节严重的，应移交相关机关处理。触犯刑律的，依法追究。
综上所述，认定清算程序违法需要综合考虑清算的各个环节和相关行为人的行为表现，从清算程序的合规性、清算义务履行情况、是否存在欺诈或恶意行为、清算组的组成、清算结果的处理、法院的确认以及清算组的责任追究等多个方面进行判断。
