小程序商家费用的扣款方式主要包括以下几种：
交易手续费
微信平台会对小程序上的每笔交易收取一定的手续费，比例大约在0.6%左右，具体比例可能会根据商家的行业和交易金额有所不同。
这部分费用是在商家的每笔交易中扣除的，商家在计算利润时需要将交易手续费考虑进去。
自动扣费
商家可以在小程序中开通自动扣费功能，用户在购买虚拟物品或服务时，可以选择开启自动扣费，系统会自动从用户的账户中扣取相应的费用。
申请自动扣费需要满足一定条件，包括小程序需要先开通微信支付功能，并通过微信支付的服务商平台申请开通自动扣费功能。
具体操作流程包括在微信支付服务商平台提交申请，审核通过后，在小程序中调用相关API实现自动扣费功能。
结算周期和费率
商户在交易过程中会产生一定的费率，结算时会扣除相应的费率再结余下的资金。
结算周期和费率的具体标准可能会根据不同的行业和交易金额有所调整。
资金去向
客户在小程序中支付的资金会进入商家的对公账户，如果商家使用个体工商户的营业执照申请小程序，资金也可以进入法人的个人银行卡。
建议
商家在申请自动扣费功能时，需要确保满足微信支付的相关条件，并通过微信支付服务商平台进行申请和审核。
在计算交易利润时，商家需要将交易手续费考虑进去，以确保准确核算收益。
了解不同行业的手续费标准，以便更好地制定定价策略和财务规划。
