小程序缺货赔付的计算方式如下：
赔付比例：
商品实际成交金额的5%作为违约金。
赔付上限：
赔付金额最高不超过300元。
赔付下限：
赔付金额最低不少于5元，特定类目商品最低不少于1元。
赔付方式：
赔付金额会直接从商家账户余额中扣除，并以无门槛现金券的形式发放给消费者。
因此，如果消费者在小程序中购买的商品发生缺货情况，他们可以获得相当于商品实际成交金额5%的违约金，且该违约金有最高和最低限额。同时，商家需要承担相应的赔偿责任，并且赔付过程会通过电商平台进行处理。
建议在遇到缺货情况时，消费者应及时与商家或平台客服联系，了解具体的赔付流程和细节，以确保自身权益得到保障。
