小程序合作公司注销的流程如下：
成立清算小组
清算组接管公司，展开清算工作。
工商部门注销备案
完成清算后30日内向公司登记机关申请注销登记，提交清算组负责人签署的注销登记申请书、人民法院的破产裁定、解散裁判文书或公司作出的决定或决议、营业执照等材料。
注销公告
在市场监督管理局网站填写简易注销公告。
税务注销登记
核查是否有未缴清税款或费用，然后注销公司的国、地税。
注销工商登记
注销公司登记，收缴营业执照。
注销社保登记
必须要去社保局进行社保账户注销，由社保部门进行核实公司的社保欠费情况，假如公司不存在社保欠费情况，社保部门核实后会给申请人发放社保注销的凭证。
建议在注销过程中，确保所有相关手续和文件都齐全，并与相关部门保持沟通，以确保注销过程顺利进行。
