运输检疫程序简述如下：
起运前检疫
动物在运输前需在车站或码头进行检疫，通常需要休息2~3小时。
检疫过程中，需验讫押运员携带的检疫证明。若检疫证明在3天内填发，车站或码头的动检人员可能只需进行抽查或复查，不必详细检查。
若无法提供检疫证明，或畜禽数量、日期与检疫证明不符，或畜禽来自疫区，或到站后发现可疑传染病病畜或死禽，动检人员必须彻底查清并实施补检，确保安全后出具检疫证明。
运输途中或过境检疫
在运输途中或过境时，检疫人员需查验相关检疫证明文件，并深入车辆或船舶仔细检查畜群。
若发现有传染病，需按规定要求进行处理。
到达目的地检疫
到达目的地后，检疫人员需再次验讫相关检疫证明文件，并深入车辆或船舶仔细观察畜群的健康情况，查对畜禽数量。
申报与受理
货主需提前申报检疫，并提交规定的申报材料，如货主身份证复印件、《动物免疫证》原件及复印件、动物临床检查报告表等。
动物卫生监督机构在接到检疫申报后，应及时审查申报材料，决定是否予以受理，并派出官方兽医实施检疫。
现场检验检疫
在产地检疫方面，动物卫生监督机构在接到检疫申报后，及时派出官方兽医实施检疫，可以安排协检人员协助到现场或指定地点核实信息，开展临床健康检查。
对检疫合格的动物，出具动物检疫证明。
检疫审批与报检
输入动物或动物遗传物质在签订贸易合同或赠送协议前，进口商或接收单位应向国家检验检疫机关提出申请，办理检疫审批手续。
货主或其代理人在动物抵达口岸前，须按规定向口岸检验检疫机关报检，并出具动物进境检疫许可证等相关文件。
实施检验检疫与放行
口岸检验检疫机关对入境动物或动物遗传物质实施必要的检疫、消毒、卫生除害处理后，签发《入境货物通关单》，供报检人办理海关的通关手续。
经检验检疫合格的入境货物签发《入境货物检验检疫证明》放行，不合格的货物签发《检验检疫处理通知书》。
以上是运输检疫程序的简述，具体操作细节可能因地区和具体情况有所不同，建议在实际操作中参考最新的相关法规和指南。
