当业主委员会程序违法时，可以采取以下处理措施：
责令限期改正
物业所在地的区、县人民政府房地产行政主管部门或者街道办事处、乡镇人民政府有权责令业委会限期改正其违法行为。
撤销决定
如果业委会作出的决定违反法律、法规，相关部门有权撤销其决定，并通告全体业主。
行政处罚
对于挪用、侵占公共收益等违法行为，区房屋行政管理部门可以追回挪用、侵占的公共收益，并归还业主，同时处以挪用、侵占金额二倍以下的罚款。
刑事责任
如果业主以业主大会或者业主委员会的名义从事违反法律、法规的活动，构成犯罪的，将依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，将依法给予治安管理处罚。
民事诉讼
受侵害的业主可以请求人民法院撤销业委会的违法决定。
举报机制
业主可以向区、县人民政府房地产的行政主管部门或者街道的办事处、乡镇人民政府举报业委会的违法行为。
监督机制
业主大会或者业主委员会作出的决定，应当接受业主的监督，确保其合法性和公正性。
综上所述，针对业委会程序违法的情况，可以通过行政、司法和业主监督等多途径进行处理，以确保物业管理的合法性和有效性。建议业主在遇到业委会违法行为时，及时通过合法途径进行举报和监督，维护自身合法权益。
