程序违法的整改最有效的方法包括以下几点：
及时申请行政复议
如果发现行政行为存在程序违法的情况，行政相对人可以在知道行政行为后的60天内申请行政复议。行政复议机关有权撤销或变更存在程序违法的行政行为。
提起行政诉讼
如果行政复议的结果仍不能满足要求，或者行政相对人认为行政行为严重侵犯其合法权益，可以向人民法院提起行政诉讼。法院可以判决撤销或部分撤销违法的行政行为，并要求被告重新作出具体行政行为。
申请审判监督程序
对于已经发生法律效力的判决、裁定和调解书，如果存在错误，当事人及其法定代理人、近亲属可以申请审判监督程序进行纠正。
内部整改和监督
行政机关在发现程序违法情况后，应当立即进行内部整改，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。上级行政机关或有关部门也有责任责令改正，并对相关责任人进行处理。
加强法律学习和培训
行政机关和执法人员应加强法律学习和培训，确保在执法过程中严格遵守法定程序，避免类似问题的再次发生。
完善内部管理制度
行政机关应完善内部管理制度，建立有效的监督和纠错机制，确保行政行为的合法性和公正性。
接受社会监督
行政机关应积极接受社会监督和舆论监督，及时公开执法信息，增强执法透明度，提升公众对行政执法的信任度。
综上所述，程序违法的整改需要从多个方面入手，包括及时申请行政复议、提起行政诉讼、申请审判监督程序、加强内部整改和监督、完善内部管理制度以及接受社会监督。通过这些措施，可以有效地纠正程序违法行为，维护法律的权威和公正。
