违反招投标程序的处理方式主要包括以下几种：
责令改正
招标人若有未履行招投标手续等违规行为，有关行政监督部门会责令其限期改正。
罚款
对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员进行罚款，罚款金额根据违规情节的轻重而定。例如，对于未按规定确定招标代理机构的招标人，可处3000元以上3万元以下的罚款。
投标人相互串通投标或者与招标人串通投标的，处以中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款。
没收违法所得
在串通投标等违法行为中，如有违法所得，将没收非法所得。
暂停项目执行或暂停资金拨付
对于必须进行招标的项目，若招标人存在严重违规行为，如未按规定发布招标公告、在提交投标文件截止时间后接收投标文件等，可暂停项目执行或暂停资金拨付。
取消中标资格
影响中标结果的违规行为，如招标人违法，可取消其中标资格。
行政处分
对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分，包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。
重新招标
因违规行为导致招标无效的，应当重新进行招标。
赔偿损失
招标人若因违规行为给潜在投标人或投标人造成损失，应当赔偿损失。
刑事责任
情节严重构成犯罪的，将依法追究刑事责任。
取消招标职业资格
取得招标职业资格的专业人员若违反国家有关规定办理招标业务，情节严重的，可暂停一定期限内从事招标业务，情节特别严重的，可取消其招标职业资格。
综上所述，违反招投标程序的处理方式多样，具体措施取决于违规行为的性质和严重程度。建议在实际操作中严格遵守招投标相关法律法规，确保招投标过程的合法合规。
