针对多处程序违法的处理，通常遵循以下步骤：
全面审查 ：司法机关会对程序违法的具体情况进行全面审查，确定违法的环节和程度。根据违法性质和后果采取措施
轻微程序违法：
如果未对当事人的实体权利产生实质性影响，一般会采取补正程序等方式予以纠正，责令相关部门或人员按照法定程序重新处理案件，以确保程序的合法性。
严重程序违法：若程序违法较为严重，可能导致案件结果的公正性受到质疑，那么该案件可能会被撤销或发回重审。撤销意味着原案件的处理决定无效，重新开始整个诉讼程序；发回重审则是将案件退回原审理机关，要求其按照法定程序重新进行审理。
法律依据
《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条：行政行为违反法定程序的，人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为。
《刑事诉讼法》第一百八十九条：第二审人民法院发现第一审人民法院的审理有违反法律规定的诉讼程序的情形之一的，应当裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判。
内部处理：
对于法官在审判阶段的程序性违法行为，除了可能导致案件发回重审外，法官还可能在法院内部接受相应的处罚。
行政处罚：
对于行政处罚程序违法的情况，行政机构将依法定程序重新作出处罚决定，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。
综上所述，处理多处程序违法的案件时，司法机关会根据违法的性质和后果采取相应的措施，包括补正程序、撤销原决定、发回重审等，以确保法律的公正实施和当事人的合法权益不受侵犯。同时，相关责任人也可能面临内部处罚或行政处分。
