如果发现查封程序违法，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
配合调查 ：在合法合规的前提下，积极配合公安部门的调查工作，如实提供公司的相关财务、经营等资料，不得隐瞒或提供虚假信息，否则可能会面临更严重的法律后果。寻求法律救济：
可委托专业的律师团队，通过法律途径来维护公司的合法权益。律师可以对查封行为的合法性进行审查，如发现查封存在违法之处，可及时提出异议并要求解除查封。
申请国家赔偿
向赔偿义务机关提出赔偿请求：
赔偿义务机关应当是下达查封措施的侦查机关。首先应当写一份书面赔偿申请书，将该申请书递交作出查封的侦查机关，并在法律规定的期限内提出赔偿请求。
向上一级国家机关提出复议：如果赔偿义务机关在规定期限内未作出是否赔偿的决定，或者赔偿请求人认为赔偿义务机关的处理不公，可以向上一级国家机关提出复议申请。
向法院赔偿委员会提出赔偿申请：如果复议结果仍不能满足要求，最终可以向复议机关同级的法院赔偿委员会提出赔偿申请。
申请行政复议：
如果查封行为由工商局等行政机关作出，经营者可以申请行政复议维护自己利益，并在复议时申请国家赔偿。
追究刑事责任：
如果查封行为涉及司法工作人员的违法行为，如贪污、挪用或私自处理查封、扣押、冻结的财物及其孳息，可以依据《刑法》第314条和刑事诉讼法第245条第5款的规定，追究刑事责任或给予处分。
向有关机关申诉或控告：
根据《刑事诉讼法》第107条，当事人和利害关系人对于司法机关及其工作人员在查封、扣押、冻结等措施中的违法行为，有权向该机关申诉或者控告。受理申诉或者控告的机关应当及时处理，对处理不服的，可以向上一级人民检察院申诉。
通过以上途径，可以有效地维护自己的合法权益，确保查封程序的合法性。建议在遇到类似问题时，及时咨询专业律师，以便更有效地采取法律行动。
