证明程序侵权通常需要综合运用多种技术和法律手段。以下是一些关键步骤和方法：
技术取证
软件指纹分析：通过提取软件的特定特征码或指纹，与正版软件的特征码进行比对，以识别是否存在未经授权的副本。
系统日志审查：检查系统日志文件，分析软件的安装、运行和使用记录，以确定软件是否被非法安装或使用。
注册表检查：在Windows操作系统中，通过检查注册表项，发现未经授权的软件安装和配置信息。
内存镜像分析：分析计算机的内存镜像来检测正在运行的软件，实时捕捉软件的运行状态。
网络流量分析：监控网络流量，分析数据包中的软件通信特征，以确定是否存在未经授权的软件在进行网络通信。
软件使用行为分析：监测软件的使用模式和行为，比如启动时间、使用时长等，与正常使用模式进行对比，以识别异常行为。
第三方审计工具：使用具备自动化检测和报告功能的第三方软件审计工具，快速识别出未经授权的软件使用情况。
法律举证
实质性相似加接触原则：原告需提供证据证明其软件与被告软件的实质性相似及接触可能性。这包括双方的源程序和文档、司法鉴定报告以及接触证据。
源程序和文档：收集原告和被告的源程序和开发文档，并进行比对，以证明相似性或特有内容的存在。
司法鉴定：申请知识产权司法鉴定机构对双方软件的相似性进行鉴定，鉴定结论具有较高的证明力。
接触证据：证明被告有接触原告软件的可能性，例如原告的原软件开发人员跳槽到被告单位工作等。
损失、过错和因果关系的证据
展示因侵权行为导致的损失，包括经济损失和非经济损失（如声誉损害）。
证明被告的过错，如故意侵犯或因疏忽导致侵权。
证明侵权行为与损失之间的因果关系。
其他证据
专家证言：邀请软件领域的专家出具证言，支持技术取证的结果和法律主张。
市场调查：进行市场调查，证明被告软件的使用对原告软件市场造成了损害。
建议
综合使用多种取证方法：技术取证和法律举证应相互补充，形成完整的证据链。
寻求专业帮助：在取证过程中，建议聘请专业的技术人员和法律顾问，以确保取证的合法性和有效性。
注意证据的合法性和有效性：在收集和使用证据时，必须遵守相关法律法规，确保证据的合法性和有效性。
通过上述方法，可以较为全面地证明程序侵权的事实，为法律诉讼提供有力支持。
