税务稽查程序主要包括以下几个步骤：
稽查选案
税务局根据风险分析、数据筛查、举报、稽查计划等因素，选择稽查对象。
案源管理
对选定的纳税人进行案源管理，包括案源信息的收集、整理和分类。
下达《税务稽查通知书》
一旦企业被选中，税务机关会正式下达《税务稽查通知书》，告知企业稽查的时间、地点和内容。
现场稽查
稽查人员到企业现场进行检查，包括查阅财务账簿、凭证、报表等资料，询问相关人员等。
调查取证
稽查人员会根据现场稽查的情况，进一步收集证据，比如询问相关人员、调取相关文件等。
提出稽查结论
稽查人员根据调查取证的情况，提出稽查结论，包括企业是否存在偷税、逃税等违法行为。
下达《税务处理决定书》或《税务行政处罚决定书》
根据稽查结论，税务机关会下达相应的处理决定书或行政处罚决定书。
税务执行
执行税务处理决定，如纳税人拒不执行，税务局可以采取强制措施。
申诉或行政复议
如果企业对处理决定不服，可以在规定时间内提出申诉或申请行政复议。
刑事责任追究
如果税务部门发现企业虚开发票行为构成犯罪，会依法将案件移送至公安机关进行侦查。
在处理税务稽查程序时，企业应积极配合税务机关的调查，提供真实、完整的资料，不要隐瞒或篡改。如果对稽查结果有异议，企业有权在规定期限内提出陈述和申辩，提供相关证据材料，说明自身观点。符合条件的，还可以申请听证，通过正式的听证程序来维护自身权益。
