当遇到违反审批程序的情况时，可以采取以下几种方法进行处理：
行政复议
向作出错误审批决定的上一级行政机关提出复议申请，要求纠正错误的审批行为。行政复议机关有权根据《行政复议法》对具体行政行为的合法性进行审查，并可以作出维持、撤销、变更或者确认违法的决定。
行政诉讼
如果对行政复议的结果不满意，可以在收到复议决定书之日起15日内向人民法院提起行政诉讼。法院将依法审理案件，并可以判决违法的行政行为，同时可能要求行政主体进行赔偿。
国家赔偿
如果因为审批程序问题导致个人或组织的合法权益受到侵害，可以根据《国家赔偿法》的规定，要求相应的赔偿。
行政处罚
对于违反法定程序作出的行政许可决定，作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关有权撤销该行政许可，并可以责令重新作出决定。此外，对于不遵守法定程序的行政处罚，上级行政机关或者有关部门可以责令改正，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。
责任追究
根据《四川省行政审批违法违纪行为责任追究办法》，对于行政审批工作中的违法违纪行为，应追究相关单位和人员的责任。这包括通报批评、取消评优资格、责令书面检查、行政告诫、降职或免职等处分，严重者还可能面临刑事责任。
建议
及时行动：发现审批程序违法后，应尽快采取行动，以免错过法律规定的申诉和诉讼期限。
收集证据：在申请行政复议或提起行政诉讼前，应尽可能收集相关证据，以支持自己的主张。
咨询专业律师：考虑聘请专业律师提供法律咨询和代理服务，以确保自身权益得到有效维护。
通过以上方法，可以有效地应对和处理违反审批程序的情况，维护自身的合法权益。
