新疆馕的来历有多种说法，但较为可信的有以下几种：
源于古代中亚的游牧民族时期：
馕的历史可追溯至古代中亚的游牧民族时期，距今已有2000多年的历史。在汉朝开创丝绸之路时，往来的商旅们便带着馕充饥，经数月也不会发霉变质。据考证，“馕”字源于波斯语，流行在阿拉伯半岛、土耳其、中亚细亚各国。
由牧羊人发明：
相传很久以前，在炎热的塔克拉玛干大沙漠边缘，一个叫吐尔洪的牧羊人被太阳烤得浑身冒油，实在受不了，把老婆放在盆里的一块面团顶在头上，像戴毡帽一样严严实实扣在了头上。面团凉丝丝的十分舒服，不多时，头顶上的面团被太阳烤的十分热，结成像面饼一样的硬块。这时吐尔洪脚下被一条红柳根拌了一下，头顶上的面饼摔在被太阳烤的炙热的地上，香味儿越来越浓，布满了前后左右。吐尔洪随手捡起一块儿碎饼，放进嘴里细细品味，外焦里嫩，香脆可口，非常好吃。吐尔洪想天不是每天都晴的，在没有太阳的时候想吃这种面饼应该怎么办呢，于是他在自家院里，挖了一个大坑，四壁用黄泥抹实，在中间烧起红柳根，等炭火通红时，把和好的面团贴到四壁上，不一会儿就面饼就香味四溢了，这就是新疆馕的来历。
由伊斯兰教传入：
维吾尔族原先把馕叫做“艾买克”，直到伊斯兰教传入新疆后，才改叫“馕”。
综合以上信息，新疆馕的来历可能与古代中亚的游牧民族时期有关，最早可能是由牧羊人发明，后来逐渐演变成今天我们所熟知的形式，并且名称也经历了从“艾买克”到“馕”的演变过程。馕作为一种适应干旱少雨气候条件的食物，是新疆绿洲农耕土著民族发明创造并适应当地自然条件的产物。
