程序违法的案子处理方式如下：
行政处罚
法院有权撤销或部分撤销违反法定程序的行政处罚，并可能要求相关部门重新作出处理决定。如果再发生类似情况，相关方面无权再度使用同样的事实和理由作出基本相似的具体行政行为。
民事执行活动
当事人或利害关系人认为人民法院的民事执行活动存在违法情形，可以向人民检察院申请监督，并提交必要的材料。
审判程序
如果诉讼当事人提起上诉，第二审人民法院经过审理后，若发现原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，将裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
对于审判程序中的违法行为，法院内部会进行责任认定，并根据《最高人民法院关于完善人民法院司法责任制的若干意见》等相关规定追究责任。
审判程序违法的追究应当遵循责任认定、情形界定、调查与处理、惩戒措施和监督机制等步骤和原则。
检察监督
检察机关参与到审判程序的监督中，对于民事审判程序中的违法行为，检察机关有权提出检察建议。
综上所述，程序违法的案子根据违法的性质和严重程度，可能面临行政处罚、重新作出处理决定、上诉发回重审以及内部追责等多种处理方式。同时，检察机关的监督也是确保程序公正的重要环节。
