程序违法的惩罚方式主要取决于违法行为的性质和严重程度，以及具体的法律规定。以下是主要的惩罚措施：
行政处罚
责令改正：上级行政机关或有关部门可以责令违法的行政机关改正违法行为。
罚款：对于轻微违法行为，可能会受到警告或罚款等行政处罚。
吊销许可证或执照：在严重的情况下，可能会吊销相关的许可证或执照。
没收非法所得：对于通过违法程序获得的收益，可能会被没收。
行政处分
警告、记过、记大过、降级、撤职、开除：对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。
刑事责任
构成犯罪：如果程序违法行为构成犯罪，相关责任人将被追究刑事责任。
国家赔偿
赔偿损失：如果程序违法给当事人造成了损失，当事人有权申请国家赔偿。
行政诉讼
撤销或部分撤销行政处罚：当事人可以依法提起行政诉讼，法院经审理后认为行政处罚决定违反法定程序的，可以撤销或部分撤销行政处罚，并要求行政机关重新作出处罚决定。
其他补救措施
重新作出具体行政行为：法院可以判决被告重新作出具体行政行为，且不得以同一的事实和理由作出与原具体行政行为基本相同的具体行政行为。
综上所述，程序违法的惩罚措施包括行政处罚、行政处分、刑事责任、国家赔偿以及行政诉讼等多种方式，具体措施视违法行为的性质和严重程度而定。建议在遇到程序违法的情况时，及时咨询专业律师或相关机构，以维护自身合法权益。
