当发现行政程序存在瑕疵时，处理方式主要取决于瑕疵的严重程度及其对当事人权益的影响。以下是具体的处理措施：
判决撤销并可要求重作
如果程序瑕疵较为严重，影响到了当事人的合法权益，且该瑕疵并非轻微违法等情形，法院一般会判决撤销该行政处罚决定，并可以判决被告重新作出行政行为。例如，行政机关在作出行政处罚时，未按照法定程序进行调查取证、未告知当事人陈述申辩权、未依法组织听证等严重违反法定程序的情形，严重损害了当事人的合法权益，法院会依法撤销该处罚决定。
确认违法但不撤销
撤销会损害公共利益：若行政处罚决定存在程序违法，但撤销该决定会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的，法院会判决确认违法，但不撤销行政行为。例如，某企业因违反环保规定被处以罚款，但其缴纳的罚款已用于重要的环保治理项目，若撤销罚款决定将导致环保治理项目停滞，对公共环境利益造成重大损害，此时法院可能会确认该行政处罚决定违法，但不予以撤销。
程序轻微违法且未实质影响原告权利：如果行政行为程序只是轻微违法，对原告的权利不产生实际影响的，法院也会判决确认违法，但不撤销行政行为。例如，行政处罚案卷中存在个别文书的日期填写错误、文字表述略有瑕疵等不影响当事人实体权利义务的轻微程序问题，法院通常会确认该行政处罚决定违法，但维持其效力。
行政机关采取补救措施
即使行政程序瑕疵不影响行政处罚决定的效力，行政机关也应当采取补救措施，消除瑕疵。例如，对于文书的日期填写错误、文字表述略有瑕疵等轻微程序问题，行政机关应当及时更正，并向当事人说明情况。
当事人请求撤销行政处罚决定
如果行政处罚决定确实存在证据不足、适用法律、法规错误、违反法定程序、超越职权的、滥用职权等违法情形的，当事人可以请求撤销该行政处罚决定。此时，行政机关应当依法撤销该行政处罚决定，并承担相应的法律责任。
建议
及时咨询专业律师：当事人发现行政程序存在瑕疵时，应及时咨询专业律师，了解具体的法律后果及应对措施。
行政机关积极补救：行政机关应主动识别并纠正程序瑕疵，以避免进一步的法律责任。
维护自身合法权益：当事人应积极行使自己的权利，要求行政机关依法履行职责，保障自身合法权益不受侵害。
