工程占地审批程序通常包括以下几个步骤：
建设项目用地预审
建设单位在项目批准、核准前或者备案前后，向自然资源主管部门提出用地申请，并提交相关申报材料。
自然资源主管部门对建设项目用地事项进行审查，提出建设项目用地预审意见。
如果需要申请核发选址意见书，应当合并办理建设项目用地预审与选址意见书。
建设用地申请
建设单位持建设项目的批准、核准或者备案文件，向市、县人民政府提出建设用地申请。
市、县人民政府组织自然资源等部门拟订农用地转用方案，报有批准权的人民政府批准。依法应当由国务院批准的，由省、自治区、直辖市人民政府审核后上报。
农用地转用方案审批
农用地转用方案经批准后，由市、县人民政府组织实施。
建设用地审查报批
建设单位向项目建设用地所在地的市、县自然资源主管部门提出用地申请，填写《建设用地申请表》，并按规定提交相关申报材料。
受理用地申请后，市、县自然资源主管部门报请市、县人民政府依法履行“告知、听证、确认”等征前程序，同时拟订农用地转用方案、补充耕地方案、征收土地方案和供地方案，编制建设项目用地呈报说明书，并组织编制其它相关用地报件材料。
市、县自然资源主管部门组织编制的相关报件材料，报经同级人民政府审核同意后，由市、县人民政府向上一级人民政府呈报用地请示。同时，由市、县自然资源主管部门制作建设用地报盘，通过远程网上申报系统，将用地报件材料报送上一级自然资源主管部门审查。
用地报件材料按程序逐级上报审查、呈报有审批权的人民政府及自然资源主管部门审查、批准。
签订征地协议
建设单位需要与土地所有者或使用者签订征地协议，明确双方的权利和义务。
缴纳相关费用
建设单位需要按照规定缴纳耕地开垦费、土地补偿费、安置补偿费等费用。
获得批准文件
经过上述程序后，市、县自然资源主管部门会核发《建设用地批准书》或其他相关批准文件，标志着工程占地审批程序的完成。
建议在实际操作中，建设单位应严格按照上述程序准备和提交所需材料，并密切关注审批进度，确保项目能够顺利推进。同时，与地方政府和相关部门保持良好沟通，以便及时解决审批过程中可能出现的问题。
